La mesura de la calprotectina fecal es considera un indicador fiable de la inflamació i nombrosos estudis mostren que, si bé les concentracions de calprotectina fecal són significativament elevades en pacients amb IBD, els pacients que pateixen SII no presenten nivells de calprotectina augmentats.Es demostra que aquests nivells augmentats es correlacionen bé amb l'avaluació endoscòpica i histològica de l'activitat de la malaltia.

L'NHS Center for Evidence-Based Purchasing ha realitzat diverses revisions sobre les proves de calprotectina i el seu ús per diferenciar l'IBS i l'IBD.Aquests informes conclouen que l'ús d'assajos de calprotectina admet millores en la gestió dels pacients i ofereix un estalvi substancial de costos.

La calprotectina fecal s'utilitza per ajudar a diferenciar l'IBS i l'IBD.També s'utilitza per avaluar l'eficàcia del tractament i predir el risc de brots en pacients amb IBD.

Els nens sovint tenen nivells de calprotectina lleugerament més alts que els adults.

Per tant, cal fer la detecció de CAl per al diagnòstic precoç.