מדידת קלפרוטקטין בצואה נחשבת לאינדיקטור אמין לדלקת ומחקרים רבים מראים שבעוד שריכוזי קלפרוטקטין בצואה עולים משמעותית בחולים עם IBD, לחולים הסובלים מ-IBS אין רמות מוגברות של קלפרוטקטין.רמות מוגברות כאלה מתואמות היטב עם הערכה אנדוסקופית והיסטולוגית של פעילות המחלה.

מרכז ה-NHS לרכישה מבוססת ראיות ערך מספר סקירות על בדיקת קלפרוטקטין והשימוש בה בהבחנה בין IBS ו-IBD.דוחות אלה מסיקים ששימוש במבחני קלפרוטקטין תומך בשיפורים בניהול המטופל ומציע חיסכון משמעותי בעלויות.

קלפרוטקטין צואה משמש כדי לעזור להבדיל בין IBS ל- IBD.הוא משמש גם להערכת יעילות הטיפול ולניבוי הסיכון להתלקחות בחולי IBD.

לילדים יש לעתים קרובות רמות קלפרוטקטין מעט גבוהות יותר מאשר מבוגרים.

אז יש צורך לבצע זיהוי CAl לאבחון מוקדם.