מדידת קלפרוטקטין בצואה נחשבת למדד אמין לדלקת, ומחקרים רבים מראים כי בעוד שריכוזי קלפרוטקטין בצואה גבוהים משמעותית בחולים עם IBD, לחולים הסובלים מ-IBS אין רמות קלפרוטקטין מוגברות. רמות מוגברות כאלה מוכחות כמתואמות היטב הן עם הערכה אנדוסקופית והן עם הערכה היסטולוגית של פעילות המחלה.

מרכז ה-NHS לרכישה מבוססת ראיות ערך מספר סקירות על בדיקות קלפרוטקטין והשימוש בהן בהבחנה בין תסמונת המעי הרגיז (IBS) למחלות מעי דלקתיות (IBD). דוחות אלה מסכמים כי שימוש בבדיקות קלפרוטקטין תומך בשיפורים בניהול המטופלים ומציע חיסכון משמעותי בעלויות.

קלפרוטקטין בצואה משמש כדי לסייע בהבחנה בין תסמונת המעי הרגיז (IBS) לבין תסמונת מעי דלקתית (IBD). הוא משמש גם להערכת יעילות הטיפול ולניבוי הסיכון להתלקחויות בחולי IBD.

לילדים יש לעיתים קרובות רמות קלפרוטקטין מעט גבוהות יותר מאשר למבוגרים.

לכן יש צורך לבצע גילוי CA לאבחון מוקדם.