便中カルプロテクチンの測定は炎症の信頼できる指標と考えられており、多くの研究で、腸管炎症性腸疾患（IBD）患者では便中カルプロテクチン濃度が有意に上昇する一方、過敏性腸症候群（IBS）患者ではカルプロテクチン濃度の上昇は見られないことが示されています。このようなカルプロテクチン濃度の上昇は、内視鏡的評価および組織学的評価の両方において、疾患活動性の評価と良好な相関関係にあることが示されています。

NHSのエビデンスに基づく購買センターは、カルプロテクチン検査とIBSとIBDの鑑別におけるその使用について、複数のレビューを実施しました。これらの報告書では、カルプロテクチンアッセイの使用は患者管理の改善に役立ち、大幅なコスト削減につながると結論付けられています。

便中カルプロテクチンは、過敏性腸症候群（IBS）と炎症性腸疾患（IBD）の鑑別に用いられます。また、IBD患者の治療効果を評価し、再発リスクを予測するためにも用いられます。

子供のカルプロテクチン濃度は、成人よりわずかに高いことがよくあります。

したがって、早期診断のためには CA1 検出を行う必要があります。