การวัดระดับแคลโปรเทกตินในอุจจาระถือเป็นตัวบ่งชี้การอักเสบที่เชื่อถือได้ และจากการศึกษาจำนวนมากพบว่าแม้ว่าระดับแคลโปรเทกตินในอุจจาระจะสูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในผู้ป่วยโรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง (IBD) แต่ผู้ป่วยโรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง (IBS) ไม่ได้มีระดับแคลโปรเทกตินที่สูงขึ้น ระดับที่เพิ่มขึ้นนี้แสดงให้เห็นว่ามีความสัมพันธ์ที่ดีกับการประเมินการทำงานของโรคทั้งโดยการส่องกล้องและการตรวจชิ้นเนื้อ

ศูนย์จัดซื้อตามหลักฐานของ NHS ได้ทำการศึกษาวิจัยหลายครั้งเกี่ยวกับการทดสอบแคลโปรเทกตินและการใช้แคลโปรเทกตินเพื่อแยกโรค IBS และ IBD รายงานเหล่านี้สรุปว่าการใช้การทดสอบแคลโปรเทกตินช่วยปรับปรุงการจัดการผู้ป่วยและช่วยประหยัดต้นทุนได้อย่างมาก

แคลโปรเทกตินในอุจจาระ (Faecal Calprotectin) ใช้เพื่อช่วยแยกความแตกต่างระหว่างโรคลำไส้แปรปรวน (IBS) และโรคลำไส้แปรปรวน (IBD) นอกจากนี้ยังใช้เพื่อประเมินประสิทธิภาพของการรักษาและคาดการณ์ความเสี่ยงของอาการกำเริบในผู้ป่วยโรคลำไส้แปรปรวน (IBD) อีกด้วย

เด็กมักจะมีระดับแคลโปรเทกตินสูงกว่าผู้ใหญ่เล็กน้อย

ดังนั้นจึงจำเป็นต้องทำการตรวจหา CAl เพื่อการวินิจฉัยในระยะเริ่มต้น