मानवी एन्टेरोव्हायरस ७१ (EV71) हा पिकॉर्नॅव्हिरिडी (Picornaviridae) या कुळातील आहे. याचे जीनोम (genome) हे सुमारे ७४०० न्यूक्लिओटाइड्स लांबीचे एक-पदरी पॉझिटिव्ह स्ट्रँडेड आरएनए (RNA) असून, त्यात फक्त एकच ओपन रीडिंग फ्रेम (open reading frame) असते. याद्वारे एन्कोड केलेल्या पॉलीप्रोटीनमध्ये (polyprotein) सुमारे २१९० अमिनो ॲसिड्स असतात. या पॉलीप्रोटीनचे पुढे जलविघटन होऊन P1, P2 आणि P3 ही पूर्वसूचक प्रथिने (precursor proteins) तयार होऊ शकतात. P1 पूर्वसूचक प्रथिन हे VP1, VP2, VP3 आणि VP4 या संरचनात्मक प्रथिनांना (structural proteins) कोड करते; तर P2 आणि P3 ही ७ असंरचनात्मक प्रथिनांना (nonstructural proteins) (2A~2C आणि 3A~3D) कोड करतात. या ४ संरचनात्मक प्रथिनांपैकी, VP4 हे विषाणूच्या कॅप्सिडच्या (capsid) आतल्या बाजूला रुतलेले असून गाभ्याशी (core) घट्ट जोडलेले असते, तर इतर ३ संरचनात्मक प्रथिने विषाणू कणांच्या पृष्ठभागावर उघडी असतात. त्यामुळे, प्रतिजन निर्धारक (antigenic determinants) मूलतः VP1~VP3 वर स्थित असतात.