হিউম্যান এন্টারোভাইরাস ৭১ (EV71) পিকোর্নাভাইরিডি (Picornaviridae) পরিবারের অন্তর্গত। এর জিনোম হলো একটি একক-সূত্রক ধনাত্মক আরএনএ (RNA), যার দৈর্ঘ্য প্রায় ৭৪০০ নিউক্লিওটাইড এবং এতে কেবল একটি ওপেন রিডিং ফ্রেম (open reading frame) রয়েছে। এনকোডেড পলিপ্রোটিনে প্রায় ২১৯০টি অ্যামিনো অ্যাসিড থাকে। এই পলিপ্রোটিন পরবর্তীতে হাইড্রোলাইজড হয়ে P1, P2 এবং P3 প্রিকার্সর প্রোটিনে পরিণত হতে পারে। P1 প্রিকার্সর প্রোটিন VP1, VP2, VP3 এবং VP4 নামক গঠনমূলক প্রোটিনগুলোকে কোড করে; P2 এবং P3 ৭টি অগঠনমূলক প্রোটিনকে (2A~2C এবং 3A~3D) কোড করে। এই ৪টি গঠনমূলক প্রোটিনের মধ্যে, VP4 বাদে (যা ভাইরাসের ক্যাপসিডের ভেতরের দিকে প্রোথিত এবং কোরের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সংযুক্ত), বাকি ৩টি গঠনমূলক প্রোটিনই ভাইরাস কণার পৃষ্ঠে উন্মুক্ত থাকে। সুতরাং, অ্যান্টিজেনিক ডিটারমিন্যান্টগুলো মূলত VP1 থেকে VP3 পর্যন্ত বিস্তৃত।