ヒトエンテロウイルス 71 (EV71) はピコルナウイルス科に属します。ゲノムは、約 7400 ヌクレオチドの長さと 1 つのオープン リーディング フレームのみを持つ一本鎖のプラス鎖 RNA です。コードされたポリタンパク質には、約 2190 個のアミノ酸が含まれています。このポリタンパク質はさらに加水分解されて、P1、P2、および P3 前駆体タンパク質になります。P1 前駆体タンパク質は構造タンパク質 VP1、VP2、VP3、VP4 をコードします。P2 と P3 は 7 つの非構造タンパク質 (2A ～ 2C および 3A ～ 3D) をコードします。これら 4 つの構造タンパク質のうち、ウイルス カプシドの内側に埋め込まれコアと密接に結合している VP4 を除く、他の 3 つの構造タンパク質はすべてウイルス粒子の表面に露出しています。したがって、抗原決定基は基本的に VP1 ～ VP3 に位置します。